圧倒的な強さを誇る、謎の敵『UE』を前に、戦うことによって自己進化する、新たなるガンダムが動き出す。
今ここに、100年3世代に渡る、壮大なガンダム大河ストーリーが幕を開ける。
フリット・アスノは、ヴェイガンへの憎しみを募らせてヴェイガン殲滅を掲げる。
アセム・アスノは、宇宙海賊となり中立の立場として両者の均衡を保とうとする。
そして キオ・アスノは地球圏と火星圏の戦争を終わらせることを願い、動き出す。
それぞれの思いは戦争の行方に、大きな影響をもたらそうとしていた。
3人の思いは、火星圏の指導者イゼルカントの企てた、恐るべき計画を阻止することが出来るのか。
ガンダム大河ストーリー最終章。
――AG164年
キオは、ヴェイガンに捕らわれ、火星圏に運ばれたものの、父であるキャプテン・アッシュことアセム・アスノの決死の救出作戦によって救い出された。
地球圏に戻ったキオは、火星圏で暮らす人々の事情を知ったことで、戦争に対しこれまでとは異なる考え方をするようなっていた。これまで、ヴェイガンを悪の象徴と信じて戦ってきたキオは、今、本当の意味でヴェイガンと向き合うことになる。
キオは、新たなるガンダム、AGE-FXを操り、戦争を止めるべくXラウンダーの力を使う。アセム・アスノは宇宙海賊として、両陣営の均衡を保ち、大きな戦闘のない仮初めの平和を維持しようとする。
そして、フリット・アスノは、ますますヴェイガンへの憎しみを募らせ、一挙にヴェイガンを殲滅しようと画策する。
ヴェイガンに奪われた月面基地ルナベースに侵攻する連邦軍。
そして、動き出す、ヴェイガン最大の宇宙要塞ラ・グラミス。
地球圏と火星圏の長きに亘る戦いは、ついに最終局面を迎えようとしていた。